W marcu 1999 r. Ksiądz proboszcz ogłosił zamiar podjęcia budowy Centrum Katolickiego: „Zgodnie z zaleceniem powizytacyjnym Księdza Biskupa, jak również w celu właściwego funkcjonowania parafii, rozpoczęliśmy z Bożą pomocą prace przygotowawcze do budowy naszego Parafialnego Centrum Katolickiego. (...) Zdaje sobie sprawę z tego, że nie są to zadania łatwe dla naszej młodej wspólnoty parafialnej. Dlatego na początku tej trudnej drogi gorąco proszę wszystkich o serdeczną modlitwę, przyjazną atmosferę i życzliwe podejście do naszych przedsięwzięć. (...) Nie chcę, aby prace, które są konieczne, ograniczyły budowanie naszej duchowej wspólnoty. Wszyscy jesteśmy za nie odpowiedzialni. Baczmy, abyśmy nie zagubili dobra, miłości, serdeczności, życzliwości i radości, jaką tu wspólnie przeżywamy, gromadząc się na modlitwie i Eucharystii. To jest najważniejsze. Jeśli będzie prawdziwa wspólnota miłości, największe trudy nie będą straszne".

Po udzieleniu sakramentu bierzmowania, 16 kwietnia 1999 r. młodzież, rodzice i goście zgromadzili się obok kaplicy, gdzie Biskup łomżyński Stanisław Stefanek pobłogosławił plac pod budowę Centrum Katolickiego im. Papieża Jana Pawła II. Obiekt o powierzchni około 2400 m kw. zaprojektował architekt Marek Przeździecki. W skład budynku wchodzą pomieszczenia przeznaczone do pracy duszpasterskiej, działalności charytatywnej, edukacyjno-profilaktycznej oraz mieszkania kapłanów.

W przeddzień dziesiątej rocznicy pobytu Ojca Świętego w Łomży, 3 czerwca 2001 roku, Biskup łomżyński Stanisław Stefanek pobłogosławił pierwszą część Centrum Katolickiego. Podczas uroczystego otwarcia przedstawiciele młodzieży mówili: „W krajobraz naszej parafii, w krajobraz Wzgórza Krzyża Świętego i całej Łomży, wpisuje się nowy gmach, nowy budynek nazwany przez nas Centrum Katolickim. Miejsce tak bardzo oczekiwane przez młodzież, dzieci, i starszych. W tym szczególnym miejscu pragniemy spotykać się, bawić, odpoczywać, uczyć się tego, co w życiu najważniejsze. Wybraliśmy szczególnego patrona naszego Centrum, największego z Polaków, Ojca Świętego Jana Pawła II. Pragniemy wsłuchiwać się w Jego głos, jego przesłania, kierowane szczególnie do nas młodych”.

Ksiądz proboszcz skierował do zebranych następujące słowa: „Habemus Papam. Mamy Papieża. Tak Biskup łomżyński witał Ojca Świętego przed dziesięciu laty na łomżyńskiej ziemi. Dziś po dziesięciu latach ze Wzgórza Krzyża wołamy: Mamy Centrum Katolickie im. Papieża Jana Pawła II. Czy można sobie wyobrazić piękniejszy sposób uczczenia dziesiątej rocznicy papieskich nawiedzin? Niech ten pomnik, nie ze stali i nie z kamienia, lecz «żywy pomnik» będzie miejscem realizowania papieskiego przesłania kierowanego do Polaków, kierowanego do łomżan, do każdego z nas: Bogu dziękujcie, ducha nie gaście”.

Po wspaniałej uroczystości otwarcia wszyscy spotkali się na wspólnej agapie. Już następnego dnia Centrum zaczęło tętnic życiem. Stało się żywym pomnikiem obecności Jana Pawła II w Łomży.
W ramach obchodów Prymasowskich Dni Kościoła Łomżyńskiego, Biskup ełcki Edward Eugeniusz Samsel w niedzielę 5 sierpnia 2001 roku pobłogosławił aulę Kardynała Stefana Wyszyńskiego oraz domową kaplicę p.w. NMP Częstochowskiej. W auli swoją siedzibę znalazła biblioteka parafialna.
Ksiądz proboszcz witając dostojnego gościa, podkreślił: „Drogi Księże Biskupie, dziękujemy z całego serca za przyjęcie zaproszenia, by w ramach Prymasowskich Dni Kościoła Łomżyńskiego pokrzepić nas Bożym Słowem. Przybywa do nas nie tylko Pasterz Kościoła ełckiego, ale przede wszystkim wychowawca wielu pokoleń łomżyńskich kapłanów i sprawdzony przyjaciel naszego miasta. Dlatego nasza radość jest tak wielka. (...) Zawołanie biskupie Waszej Ekscelencji: «Spes unica» - jedyna nadzieja, często powtarzamy w naszej kaplicy odnosząc je do Krzyża Świętego, tytułu naszej wspólnoty parafialnej. Witaj Krzyżu - jedyna nasza nadziejo!”.

W homilii Biskup ełcki podkreślił: „Dzisiaj, kiedy podczas dni łomżyńskich wspominamy Kardynała Stefana Wyszyńskiego, łomżanina, co budzi nasz honor i dumę, najmilsi, to jednocześnie budzi także potrzebę wewnętrznego oczyszczenia i wielkiego wysiłku, abyśmy i my, na miarę naszych czasów i możliwości wypełniali nasze obowiązki godnie, by wpisać się w historię tego miasta i tego Kościoła. (....) Wspominając dzisiaj te wielką postać, rzeczywiście trzeba wrócić do jego idei, wartości, którymi żył, w tym także wartości zawierzenia we wszystkim Panu Bogu, za pośrednictwem Jasnogórskiej Pani i Królowej naszego Narodu, o której powiedział: « Wszystko postawiłem na Maryję» (...) W Łomżyńskiem jest taki piękny zwyczaj - to matka po chrzcie świętym ofiaruje Matce Najświętszej, urodzone dziecko, to ojciec klęczy przed wizerunkiem Matki Boskiej Częstochowskiej. To jest wielkie wyzwanie dla rodziców, wychowawców, ale dla ojców szczególnie”.

W uroczystości udział wzięli: Wikariusz Biskupi Ksiądz prałat mgr Ludwik Brzostowski, Kanclerz Kurii Ksiądz prałat dr Tadeusz Sliwowski, Dyrektor Domu Biskupiego Ksiądz prałat dr Tadeusz Bronakowski, Prezes Fundacji Cordis Ksiądz Marian Miklaszewski, Poseł Marian Jaszewski, Marszałek Sejmiku Wojewódzkiego Sławomir Zgrzywa, Maria Rastawicka.
Obraz Matki Bożej Częstochowskiej, który znajduje się w kaplicy, przekazał wspierający od początku budowę Centrum, Pan Jan Kurpiewski.

Dzięki ofiarności wielu instytucji i zaangażowaniu parafian dalsze prace wykończeniowe prowadzone przy Centrum Katolickim przebiegały w szybkim tempie.

Wierni z radością przyjęli decyzję Biskupa łomżyńskiego o umieszczeniu w gmachu Centrum Katolickiego Diecezjalnego Radia „Nadzieja". Szczególną satysfakcję wiernym naszej wspólnoty daje fakt, iż nazwa radia kojarzy się z tytułem wydawanej od lat gazetki parafialnej. Ponadto pierwszym dyrektorem i współtwórcą rozgłośni został dotychczasowy wikariusz Ksiądz mgr Krzysztof Jurczak.

Dnia 6 stycznia 2002 r. Biskup łomżyński Stanisław Stefanek i Biskup pomocniczy Tadeusz Zawistowski pobłogosławili siedzibę Diecezjalnego Radia Nadzieja oraz salę sportową imienia św. Stanisława Kostki, Patrona Młodzieży Polskiej. Podczas tej uroczystości Ksiądz proboszcz Andrzej Godlewski otrzymał z rąk Prezydenta miasta Łomży i Senatora Ziemi Podlaskiej Srebrny Krzyż Zasługi nadany przez Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej.

Dziękując za odznaczenie, Ksiądz Andrzej mówił: „Ten krzyż, który dzisiaj otrzymałem jest symbolem wyróżnienia. Przyjmuję go pod warunkiem, że nie jest on wyróżnieniem mojej osoby, lecz wyróżnieniem całej naszej wspólnoty - więcej - wszystkich, dzięki których modlitwie, cierpieniom i darom materialnym mogą powstawać te jakże potrzebne społecznie i duchowo budowle: Centrum Katolickie im. Papieża Jana Pawła II i kościół Krzyża Świętego. Człowiek wierzący patrząc na krzyż - widzi najpierw ten pierwszy, Chrystusowy. Tak rozumiem to wyróżnienie i tak je w pokorze przyjmuję. Proszę także o dalszą pomoc, zrozumienie i wspólne stanie przy człowieku, który, jak powiedział Ojciec Święty, jest pierwszą drogą Kościoła. Każde wyróżnienie jest także zobowiązaniem do jeszcze gorliwszej i ofiarniejszej pracy nas kapłanów i wiernych naszej parafii.

Krzyż zawiesimy w kaplicy NMP Częstochowskiej w naszym Centrum Katolickim, jako dar wdzięczności Chrystusowi i Jego Matce za opiekę, Boże błogosławieństwo podczas budowy oraz jako przypomnienie o wszystkich, którzy trudzili się, by powstało to wielkie Boże dzieło służące człowiekowi. Witaj krzyżu - jedyna nasza nadziejo! Non nobis Domine, non nobis. Sed nomini tuo da gloriam. Nie nam Panie, nie nam, lecz Twemu imieniu daj chwałę”.

Centrum Katolickie jest głównym ośrodkiem spotkań parafian. Szczególną sympatią miejsce to darzą dzieci i młodzież. Odbywają się tu również liczne sympozja, spotkania formacyjne, wystawy oraz koncerty. Korzystają z nich nie tylko parafianie, ale także inni mieszkańcy naszego miasta. Po latach wynajmowania mieszkań, księża pracujący w naszej parafii znaleźli w nim wspólny dom.

W obchodzonym przez Kościół dniu środków społecznego przekazu zorganizowano 14 września 2002 r. sympozjum na temat massmediów. Biskup łomżyński poświęcił wówczas salę komputerową im. św. Maksymiliana Marii Kolbego.Dyrektor Caritas Polska Ksiądz prałat dr Wojciech Łazewski 6 października 2002 r. w dniu rozpoczęcia tygodnia miłosierdzia poświęcił przeznaczoną do działalności charytatywnej salę im. św. Brata Alberta Chmielowskiego.

Trudno byłoby dzisiaj wyobrazić sobie funkcjonowanie parafii Krzyża Świętego bez tego pięknego architektonicznie, wpisanego w krajobraz Łomży i silnie zakorzenionego w ludzkich sercach obiektu. Na każdą uroczystość związaną z tym niezwykłym miejscem przybywają zapraszani goście: duchowni, władze miasta, powiatu, województwa, parlamentarzyści. Licznie gromadzą się wierni parafii i mieszkańcy Łomży. Wspólne agapy są okazją do spotkań, wymiany myśli oraz integracji wspólnoty parafialnej.